Mae gwerth naturiaethol pwysig i’r warchodfa ac mae’n cefnogi fflora a ffawna anghyffredin.
Ar lan orllewinol yr afon, gallwch weld poblogaeth dda o’r galdrist lydanddail, yn ogystal â’r bisgwydden dail bach. Yn ychwanegol, mae ardaloedd eang o lastir pori calchfaen, rhai â rhedyn a llawer o fioledau sy’n darparu cynefin cynaliadwy ar gyfer brithegion arian.
Mae’r lan ddwyreiniol yn cynnwys nifer o bistyll sydd â dyddodion Twffa ac mae mur chwarel Gurnos wedi ei ddatblygu’n helaeth ac yn cynnwys ansoddion ac ogofau sy’n debygol o fod yn gartref i ystlumod.
Mae gan y warchodfa amrywiaeth eang o gynefinoedd, dŵr glân, croyw sy’n llifo’n araf a chyflym, coetir collddail agored a thrwchus; glastir calchog ac asidig; wynebau clogwyni o galchfaen a hen furiau a phistyll twffa.
Yn aml, gwelir arwyddion o ddyfrgwn ac mae’r afon yn cefnogi adar tebyg i fronwen y dŵr a’r siglen lwyd. Gwelir yr hwyaden ddanheddog yn aml yn ystod y gaeaf a thystiolaeth yn aml o bresenoldeb moch daear.